Usporedo s razvojem feudalizma u Japanu i pojavom samuraja, rađa se i razvija doktrina “Zen”. “Zen” ili “Zenshu” jedan je od pravaca u budizmu. Kasnije će zen postati najpopularnije i najutjecajnije učenje među samurajima.
Budistički redovnik Bodhidharma smatra se utemeljiteljem zena. Počeo je propovijedati u Indiji i Kini. Krajem jedanaestog i početkom dvanaestog stoljeća učenje je prodrlo u Japan. To se dogodilo zahvaljujući dvojici budističkih redovnika Eisaiju i Dogenu. Riječ “Zen” na japanskom znači: tiha kontemplacija, ovladavanje duhovnim i vanjskim silama radi postizanja prosvjetljenja.
Učenje zena postalo je popularno među samurajima jer su njegovi temelji podučavali sve što treba dobrom ratniku. Učenje je govorilo da je rad na sebi konstantan, razvija sposobnost pronaći bit svakog problema, usredotočiti se na njega i ići prema svom cilju, bez obzira na sve.
Prostata je također pridonijela širenju učenja među samurajima. Zen je poricao svaki pisani jezik i samuraji nisu morali čitati razne vjerske knjige. Ali za propagandu, pristaše učenja koristile su se budističkim knjigama i tekstovima. Samuraj je morao proniknuti u učenja Samumua ili uz pomoć mentora.
Zen je kod samuraja pomogao razviti volju, pribranost i samokontrolu, što su bile neophodne vještine za dobrog ratnika. Vrlo važna vještina za samuraja bila je ne trzati pred neočekivanom opasnošću i biti u stanju zadržati bistrinu uma i biti svjestan svojih postupaka i postupaka. Prema učenjima, samuraj je morao imati željeznu snagu volje, ići ravno na neprijatelja i ubiti ga, ne osvrćući se ni u stranu. U isto vrijeme, zen je učio biti suzdržan i nepokolebljiv u svim situacijama, a deklarirani zen budist ne bi trebao ni obraćati pažnju na uvrede. Osim samokontrole, učenja zena usađivala su u samuraje bespogovornu poslušnost svom zapovjedniku i gospodaru.
Privlačan čimbenik za samuraje u učenju bio je taj što je zen budizam priznavao život u postojećem svijetu ne kao stvarnost, već samo kao privid. Život za zen je samo efemerna i iluzorna reprezentacija “Ništa”. Život je ljudima dan na neko vrijeme. A kao glavna religija samuraja, zen budizam je učio da se ne drže života i ne boje se smrti. Pravi ratnik morao je prezirati smrt.
Religija samuraja, koja je život smatrala iluzornim i nepostojanim, povezivala je sve prolazno s pojmom ljepote. Kratkotrajno, kratkotrajno, kratko vrijeme zaodjenulo se u poseban estetski oblik. Odavde dolazi ljubav samuraja da gledaju kako cvjetaju trešnje i kako opadaju latice ovog drveta. Ovo također uključuje isparavanje rase ujutro nakon izlaska sunca i druge slične stvari. Zapravo, iz toga proizlazi da što je život samuraja kraći, to je ljepši. Kratak, ali vedar život smatrao se posebno lijepim. Taj je koncept oblikovao kod japanskih ratnika nedostatak straha od smrti i sposobnost da umru.
Na koncept lake smrti utjecao je i konfucijanizam. Osjećaj dužnosti, moralna čistoća i samopožrtvovnost podignuti su na nedostižnu visinu. Samuraje su od djetinjstva učili da žrtvuju sve za dobrobit svog gospodara ili zapovjednika. Stoga se smrt u ime ispunjenja dužnosti smatrala stvarnim životom.
Dogme budizma i konfucijanizma bile su dobro prilagođene profesionalnim interesima samuraja. A psihologija i etika samuraja dodatno su ojačale veličanje smrti, samopožrtvovnosti i smrti dale aureolu slave. Sve je to bilo usko povezano s kultom smrti i obredom harakirija.
Budističke dogme o životu također su ostavile trag na odnos prema smrti. Prema njima, život je beskonačan, a smrt je samo poveznica u stalnom ponovnom rađanju u novi život. Smrt samuraja, prema budizmu, nije značila kraj njegovog postojanja u budućim životima. Stoga mnogi samuraji, umirući na bojnom polju, s osmijehom na licu čitaju budističke molitve. Te su dogme utjecale i na formiranje etikete smrti koju je svaki samuraj morao poznavati i poštovati.
Vjerski trend zena proširio se vrlo široko na život samuraja, oblikovao je ne samo njihova vjerska uvjerenja, već i njihovo ponašanje. Temelji zen učenja postavljeni su u Bushidu, moralnom kodeksu samuraja.
Uz učenja zena, samuraji su vjerovali i u neke budističke bogove. Božica milosrđa i suosjećanja Kannon (Avalokiteshvara) i božanstvo Marisiten (Marichi) pokrovitelj ratnika bili su im vrlo popularni.
Među samurajima, prije početka rata, bilo je uobičajeno staviti malu sliku božice Kannon u svoju kacigu. I prije početka bitke ili dvoboja, samuraji su zamolili božanstvo Marishiten za pomoć i pokroviteljstvo.
Paralelno sa zen budizmom, samuraji su vjerovali u drevni japanski kult šintoizma. Prema ovoj religiji, samuraji su poštovali svoje pretke, prirodu, lokalna božanstva i obožavali duše ratnika poginulih u borbi. Jedno od glavnih šintoističkih svetišta bio je sveti mač. Mač se smatrao simbolom samuraja i duše ratnika.
Uz budistička božanstva, samuraji su štovali i Shintai boga rata Hachimana, čiji je prototip bio obožavani japanski car Ojin. Poput budističke božice Kannon, i samuraji su se prije početka rata obratili bogu Hachimanu, zamolili ga za podršku u nadolazećem ratu i položili zakletve.
Treća velika religija samuraja bio je konfucijanizam. Bio je više ideološke nego religiozne naravi, uz religiozne momente uključivao je i etičke. Konfucijanizam u Japanu prilagodio se lokalnom budizmu i šintoizmu i potvrdio gledišta kao što su: poslušnost, vjernost dužnosti, poslušnost gospodaru, moralno savršenstvo, strogo poštivanje zakona obitelji, društva i države.
Spoj budizma, šintoizma i konfucijanizma snažno je utjecao na duhovni život samuraja. Postalo je uobičajeno za samuraje da se istovremeno mole i traže pomoć od budističkih i šintoističkih bogova i da se u isto vrijeme pridržavaju moralnih i etičkih standarda konfucijanizma. S vremenom su se ove tri struje usko ispreplele u vjerskom životu samuraja i počele su se doživljavati kao jedna.